微软生物学基金会发布Mono兼容性报告

　　编译/张龙

　　微软生物学基金会称自己是个“语言中立的生物信息学工具集，是微软.NET Framework的扩展，最初面向基因组学领域的研究”。目前，它针对常见的生物信息学文件格式实现了一系列解析器；操纵DNA、RNA以及蛋白质序列的一系列算法；一套生物学Web Services连接器，比如NCBI BLAST。

　　虽然微软研究院保证说这些工具会兼容于第三方厂商，但人事问题阻碍了他们为支持Silverlight与Mono而制订的重构计划。Michael Zyskowski写到：

在MBF的开发过程中，我们决定使用.NET 4.0，尤其是通过Parallel Extensions在序列比对与装配时充分发挥多核计算机的能量。SL4的功能并不是那么容易搞懂，最后我们选择充分发挥.NET 4特性的优势而不是像Mono或SL4这种只关注某一部分特性的框架。我们打算将框架重构为一个面向MBF v1各个版本的子程序集，进而实现SL4的兼容性（还有.NET 4.0 Client Profile子集）。

但遗憾的是，过去几个月，有几个核心开发者离开了我们，因此我们不得不做出妥协。其中一个决定就是将库重构为Client Profile、Silverlight4与完整的.NET 4.0程序集的计划推后。这是继6月份MBF v1最终版发布后我们所面临的第一要务。但我们希望社区能够继续探究、实现原型、甚至提交代码来完成这个目标。该项目的美好之处在于我们希望社区能够促进平台的不断发展，不必再依赖微软就能实现这一切，这非常重要。

　　虽然还需要进行很多测试，但由Mono Migration Analyzer所检测出的兼容性问题已经非常少了。具体问题有：

• 有两个地方调用了CredentialCache.DefaultCredentials。它只用于NTLM、协商以及基于Kerberos的认证。这样，如果没有调用的话就可以忽略掉了。但如果需要他们，目前还没有什么好的解决方法。
• 对Assembly.GetName(Boolean)调用了4次，在对程序集进行shadow copy时修改Assembly.CodeBase的工作是很无聊的事情。
• 与安全相关的另一个特性是来自于Windows Communication Foundation的HttpTransportSecurity.ClientCredentialType。由于它只用于通过WCF调用Web Services，因此在Mono赶上来时需要使用其他的Web Services层。
• 在一个扩展包中对Win32函数GetTickCount调用了多次。它仅仅会返回自系统上一次启动以来所经历的秒数，因此很奇怪Mono没有为Linux与OS X实现一个转换层。

　　总而言之，实现Mono版本的工作量并不太大。但遗憾的是，实现Silverlight版本就不那么轻松了，因为它与.NET 4.0相差太多，最终也不会实现完全的兼容性。

　　查看英文原文：Mono Compatibility Report for Microsoft Biology Foundation