[原创]又抓了bioperl中codeml.pm 模块的一个bug
以下是运行codelml计算branch model的perl代码 use strict; use warnings; use Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Codeml; use Bio::AlignIO; use Data::Dumper; use Bio::TreeIO; # my ( $treefile, $setModel ) = @ARGV; #脚本的第一个参数是树文件名,第二个是控制omega的模型 #print "omega\tlnL\n"; my $alignio = Bio::AlignIO->new( -format => 'fasta', -file => 'seqfi...
作者: ocrack 发布时间: 10-18
perl中的正则表达式
正则表达式的三种形式 正则表达式中的常用模式 正则表达式的 8 大原则 正则表达式是 Perl 语言的一大特色，也是 Perl 程序中的一点难点，不过如果大家能够很好的掌握他，就可以轻易地用正则表达式来完成字符串处理的任务，当然在 CGI 程序设计中就更能得心应手了。下面我们列出一些正则表达式书写时的一些基本语法规则。 -------------------------------------------------...
作者: flying5 发布时间: 10-17
Perl 处理excel模块
发觉最近有点忙，很久没法文章了，为了不给遗忘，发个最近在用的perl的一个模块； 以前做excel的处理，是用vc++ 或 java 因为方便不用安装什么东西，但最近想提提组内 新人的学习兴趣，就弄弄perl excel处理模块。 网上的例子，都只是给出一个例子，但发现这个例子就是原来官网模块下面的例子，可能有些 朋友还要花费时间去找相关模块，下载安装使用，到最后还不能达到想要...
作者: skybin090804 发布时间: 10-15
LWP
LWP( Library for Web access in Perl) 能做到什么？ 1. 使用URL对远程Web Server读取文件。 2. 对Web Serve利用POST 方式送出form request。 3. 对远程Webserver最近更新的文件作更新动作。 4. 解析HTML 文件，取得其中的「连结」与一些需要的数据。 5. 将HTML转成纯文本文件或Postscript档案。 6. 处理cookies,HTTP redirects, proxy servers, and HTTP user authenticati...
作者: niustar 发布时间: 10-09
[转载]正则表达式
正则表达式(regular expression) -------------------------------------------------------------------------------- 关键字: 正则表达式,Regular Expression 原著:笑容 创作于:2004年05月03日 最后更新:2004年05月04日 21:12 版权声明:使用创作公用版权协议 引用地址:http://oo8h.51.net/docs/regular_expression.htm -------------------------------------------------...
作者: ygl23 发布时间: 10-09
Perl语言入门笔记：第十八天
第十三章 目标操作 在目录树中移动： 程序运行时会以自己的工作目录(working directory)作为相对路径的起点。也就是说，当我们说起fred这个文件时，其实指的是当前工作目录的fred。 我们可以用chdir操作符来改变当前的工作目录。它和Unix shell的cd命令差不多： chdir "/etc" or die "cannot chdir to /etc: $!"; 文件名通配： [linscora@root ~]# cat show-args foreach $a...
作者: linscora 发布时间: 09-23
perl-POE框架学习：邮件控制电脑
perl的POE模块··是一个很不错的框架，是一个单进程模拟多线程的多任务执行模块，并提供的非阻塞的IO操作~~可以干的东西很多···并且写起来··思路很清晰，可读性非常好~~至于具体的有关POE的资料大家可以上网找一下虽然不多·· #BY Weigun http://blog.chinaunix.net/u2/70443/ use 5.010; use strict; use warnings; use Config::IniFiles; use Data::Dumper; use Net::IMAP::...
作者: wfnh 发布时间: 09-09
Perl语言入门笔记：第十三天
第九章： 用正则表达式来处理文本 之前我们知道了正则表达式如何进行匹配，现在我们也可以用它来修改文本。 用s///替换： $_ = "He's out bowling with Barney tonight."; s/Barney/Fred/; #把Barney替换为Fred print "$_\n"; 如果匹配失败，则什么事都不会发生，变量也不受影响： 模式串与替换串还可以更加复杂： s/with (\w+)/against $1's team/; print "$_\n"; #"He's o...
作者: linscora 发布时间: 09-05